„Recht oft habe ich, wenn ich Ölsysteme benutzte, mit Bewunderung und Dankbarkeit der Zeissschen optischen Werkstätte gedacht“, berichtete Robert Koch nach Jena; „verdanke ich doch einen grossen Teil der Erfolge, welche für die Wissenschaft zu erringen mir vergönnt war, Ihren ausgezeichneten Mikroskopen.“
Dickes Lob gab es auch von dem Botaniker Leopold Dippel im „Handbuch der allgemeinen Mikroskopie“:
In der ersten Auflage [1867] konnte ich bereits die Erzeugnisse der Jenaer Werkstätte zu dem besten, was damals geleistet wurde, vollkommen zur Seite stellen, Seit dem letzten Jahrzehnt aber hat dieselbe unter der wissenschaftlichen Leitung von Professor Dr. Abbe und bei wesentlicher Vervollkommnung der Arbeitsmethoden einen so grossartigen Aufschwung genommen, dass ich keinen Anstand nehme, dieselbe in Bezug auf die Gesamtheit ihrer Leistungen nach jeder Richtung hin in die Spitze zu stellen.
Das Dippelsche Handbuch erschien 1882. In den folgenden Jahren vergrösserte sich der Vorsprung der Optischen Werkstätte. Die im „Glastechnischen Laboratorium Schott & Genossen“ erschmolzenen Gläser ermöglichten es Abbe, eine alte Idee zu verwirklichen: eine Optik zu schaffen, die nicht nur (wie der Achromat) für zwei Spektrallinien korrigiert ist, sondern für drei Linien. Bei diesen „Apochromaten“ ist auch das schwache „sekundäre Spektrum“ beseitigt. Hinzu kommt, dass die Bauart des Apochromaten eine besonders hohe Auflösung im Sinne der Abbeschen Abbildungstheorie ermöglicht.
Für Abbe war die Berechnung der aus zehn Einzellinsen bestehenden Apochromate Höhepunkt und Schlussstein seiner mehr als fünfzehnjährigen Arbeit am Mikroskop. Als Carl Zeiss 1886 mit den neuen Linsensystemen auf den Markt kam, bemerkten auch die Konkurenzfirmen, dass man in einer „neuen Epoche der Optik“ lebte. so war die Existenz von Ernst Leitz in Wetzlar ernsthaft bedroht, weil alle Welt nur noch Zeisssche Instrumente haben wollte. Die Krise konnte gemeistert werden, weil nun auch in Wetzlar die mathematischen Berechnung anstelle der „Pröbelei“ trat und weil Ernst Abbe bewusst auf eine Patentierung der Apochromate verzichtet hatte.
„Wie alle Arbeiten unserer Firma“, heisst es in einer Jenaer Preisliste von 1886, stehen „auch diese Neuerungen ganz auf dem Boden freister Konkurrenz. Die von uns benutzten Gläser sind mit unserer eigenen Beihilfe schon jetzt jedem zugänglich, und kein Optiker ist im geringsten behindert, die gleichen Linsen anzufertigen, so gut und so billig er vermag.“
Noch heute ist für alle Mirkoskophersteller, Japaner wie Europäer, die Grundlage der Arbeit die damals von Ernst Abbe entwickelte Theorie.
Am 24. und 25. September 1886 feierte die Firma die Fertigstellung des zehntausendsten Mikroskops. Die „einfachen“ Mikroskope waren dabei nicht mitgezählt, auch nicht die Einzelsysteme (denen etwa das Fünffache produziert wurde). Die Zahl 10’000 repräsentiert also im wesentlichen die seit 1871 (aufgrund der Abbeschen Berechnungen) gefertigten Instrumente.